西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝()国の侵略を受けていた。ガミ()ラスは冥()王星に前線基()地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地()球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を()続けていた()が、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まで()あと一年余りと迫っていた()。
最後の地()球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙()艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたか()に見えた。しかし、この()海戦の最中に外宇宙から飛来()した一隻の宇宙船が()火星に不時着、()通信カプ()セルが回収される。その中にはイスカン()ダルから、「放射能除去装置・コスモク()リーナー()Dを受け取りに来るように」との救援メッセージと()、航海に必要な波動()エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに()波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除()去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変()わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲の()イ()スカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス帝国()と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。
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